在皮皮鲁的帮助下，舒克和贝塔成功击败了海盗，把海盗流放到了孤岛。当舒克和贝塔把机场交给了臭球和罗丘，准备回家时，却听到人们要用鼠药灭鼠，为了拯救鼠类，他们马上把消息通知了鼠王国，白路却要更恶毒地把鼠药放到人食物中去毒害人类。舒克和贝塔又把这消息通过登报告知人类，避免了一场灾难。白路听到此事后要通缉舒克和贝塔，舒克和贝塔只好到双子星避难。

舒克和贝塔航空比赛中打了胜仗，它们俩告别了皮皮鲁来到郊外，发现咪丽被三只野猫追打，他们奋力赶走野猫，救了咪丽。咪丽告诉贝塔，由于家中没有老鼠，咪丽被主人赶出了门外，贝塔帮助重返主人家。

小老鼠舒克，不愿有个小偷的坏名声，驾驶玩具直升飞机离家出走，决心要靠自己的劳动生活，一路上他救了小蚂蚁，帮助了蜜蜂运蜜，为受到欺侮的小麻雀打抱不平等等，做了不少有益的事，结识了许多朋友，受到朋友们的信赖。当舒克遇到危急的时候，得到了伙伴们真诚的帮助。

咪丽回到了家，贝塔为了不让再被逐出门，耐心地教咪丽学习老鼠叫。舒克回家看望生病的妈妈，为了替妈妈寻找食物而被大花猫抓走，途中又遇到野猫拦截。危急时贝塔、咪丽赶到，他们战胜了野猫又相聚一起了。

舒克和贝塔成立了航空公司，罗丘、臭球等伙伴们都来了。由于臭球工作马虎，飞机发生了故障，后来舒克急中生智，将飞机迫降于树上，这才化险为夷。为了满足顾客需要，航空公司准备做冰淇淋，舒克与臭球经过一番周折，终于弄到了牛奶，可半路上被海盗所劫，真所谓出师不利。

这是一座猫王国，奇怪奇怪的是这里猫从未见过老鼠也不吃老鼠，但每到晚上城堡里总有小猫失踪。舒克和贝塔被带进了王宫，使他俩吃惊的是猫王国国王竟然是一只能吃小猫肉白鼠——白路，因为有一颗安装着电池的心脏和一个老虎胆。白路怕舒克和贝塔暴露了猫要吃老鼠的真相，于是想在饭菜里面下毒，但是由于那些菜竟是猫肉！舒克和贝塔都不肯吃。白路便用电池吓唬他俩，但是舒克和贝塔都懂电，于是不怕白路，并帮助克里斯王国的居民们制服了白路。

海盗大败而逃，舒克缴获两架敌机。正当舒克学会驾驶新飞机时，海盗又来机场，这次空战中眼看这舒克寡不敌众时，臭球也驾驶着另一驾缴获的飞机去帮舒克。但是臭球没飞多久便由于失速，险些造成“机毁鼠亡”。幸好臭球及时跳伞。捡回了一条命。舒克也在城市里被击落，于是便顺路来到了皮皮鲁家，皮皮鲁支援了舒克大批飞机。

罗丘被关铁笼内，幸好皮皮鲁及时赶来相救，并把一架豪华型客机送给舒克贝塔航空公司。当舒克驾驶客机营送旅客时遇到了海盗袭击，舒克巧妙地摆脱海盗返航机场。当们庆幸时天空中又出现了海盗机群。

贝塔也是一只小老鼠，花猫咪丽一直想捕捉他。但是有一天贝塔发现了一辆玩具坦克，贝塔便不怕咪丽了，而且还去抢咪丽的食物吃。但后来贝塔有点可怜咪丽了，于是便开着玩具坦克离开了家。到了外面，有一群小麻雀在议论坦克，贝塔误以为小麻雀在骂他，便对着小麻雀开了一炮，不小心打伤了小麻雀。舒克开了直升机来打抱不平，把贝塔的坦克吊到空中。打算把他吊离小伙伴们。在舒克吊走贝塔的途中，遇到了一只老鹰。舒克便利用直升飞机上的电台联络贝塔，并与贝塔联合作战。最终把老鹰给打跑了。于是舒...

这时，舒克的飞机被海盗所劫持。而且海盗还打算占领机场。舒克在机上支开了海盗并用电台同知了机场，叫机场做好准备。当飞机降落时海盗王遭到了彻底打击，舒克为庆祝胜利举行了舞会，而海盗则带着小喽罗们越狱逃走了。

一对夫妻高女人和矮丈夫外型上显得不谐调，于是所有好心的人都想改变这种“失调”，殊不知反而破坏了他们原有的内在谐调。

舒克和贝塔商议将白路送到发电厂。路上，他们再一次制服了欲反抗劫机的白路，想来白路是一个负担，舒克和贝塔就把它放走了。由于飞机没电，他们迫降到皮皮鲁家里，经过参加了航空比赛，他们与皮皮鲁建立了友谊。

舒克和贝塔巧妙地击落了几架海盗飞机，胜利地保卫了旅客和机场。海盗不甘心自己失败，又去偷来一些新飞机，准备再次袭击机场。舒克和贝塔向皮皮鲁求援，他们用秘密武器——磁铁，再次击败了海盗。

舒克们去城里学做冰淇淋，当他们来到一家冷饮店后，看到冷饮店经理想攒钱的种种卑劣行为。正当他们想离开这家店时，不幸被发现了。罗丘落入魔掌--被关进了铁笼。舒克焦急万分时，看见了救星，皮皮鲁！