2013年，瑞士的原子核研究机构“CERN”——　　在希格斯玻色子这一发现的暗影之下，某个秘密计划启动了。　　这一计划的名称是“Niantic计划”。　　其目的是研究干涉人类精神的未知物质。　　被称为“奇异物质（XM）”的这种物质，　　自古以来就感应着人们的精神及能力，甚至给人类的历史带来了极大的影响。　　世界各国的机关暗中进行着这项研究。　　XM被视为人类的希望或是威胁，　　大国及巨大企业为此而爆发了争夺战。　　接受XM的力量，并准备将其利用于人类进化的...

自从小时候母亲去世以来，就封锁了心灵的真。　　一直守护在他身旁的，青梅竹马琴莉。　　高中三年级的现在，就在终于准备跨出一步的两人面前，　　来自另一个日本的，另一个“我”突然出现——。